Espresso

TR-Grid sitesinden

Espresso TR-GRID altyapısında yüklü olan diğer bir paralel moleküler dinamik programıdır. Espresso hakkında daha detaylı bilgiye programın wiki sayfasından, http://www.quantum-espresso.org ulaşabilirsiniz.

Espresso programı genel kullanıma açık bir programdır. Tüm TR-GRID kullanıcıları bu programı kullanabilirler. Mevcut kümelerde kurulu olan versiyon 4.1.1 ve 3.2.2 'dir.

Modüller ve çevre değişkenler

Espresso programının derlenmesi ve çalışması sırasında MPI , LAPACK/SCALAPACK, FFTW kütüphanelerine ve derleyicilerine ihtiyaç duyurlur. TR-GRID kümeleri üzerinde Espressonun farklı versiyonlarıve farlı derleyiciler ve kütüphanelerle derlenmiş versiyonları bulunmaktadır. İşinizi çalıştırmak için kullandığınız PBS betiğinin içerisinde gerekli modülleri yüklemeniz gerekmektedir.

TR-01-ULAKBIM kümesine göndereceginiz işler için aşağıdaki satırları eklemeniz yeterlidir.

. /usr/share/Modules/init/sh
module load tr-01-ulakbim/application/espresso-4.1.1/intel-mkl

Mevcut modüller ve modüllerin kullanımı hakkında daha detaylı bilgi için: TR-Grid Altyapısında Bulunan Yazılım, Derleyici ve Kütüphane Modülleri Kullanımı

PBS betikleri hakkında daha detaylı ilgi için : Küme Bilgisayarlarda İş Gönderme

sayfalarını ziyaret ediniz.

Örnek pbs betiği

Programı MPI (2 node üzerinde toplam 4 çekirdek ile) ile çalıştırmak için kullanılabilecek pbs betiği;

#!/bin/sh 
#
#PBS -q trgridb@ce.ulakbim.gov.tr
#PBS -N espresso
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#
## PBS değişkenleri sisteme gönderiliyor
#PBS -V
#

## Gerekli modüllerin yuklenmesi
. /usr/share/Modules/init/sh
module load tr-01-ulakbim/application/espresso-4.1.1/intel-mkl

## Çalışma  dizinine giriliyor
export CALISMA_DIZINI=$HOME/espresso
export ESPRESSO_HOME=/home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/espresso-4.1.1-mkl
cd   $CALISMA_DIZINI

if [ "x$PBS_NODEFILE" != "x" ] ; then
  echo "PBS Nodefile: $PBS_NODEFILE"
  HOST_NODEFILE=$PBS_NODEFILE
fi

if [ "x$LSB_HOSTS" != "x" ] ; then
  echo "LSF Hosts: $LSB_HOSTS"
  HOST_NODEFILE=`pwd`/lsf_nodefile.$$
  for host in ${LSB_HOSTS}
  do
    echo $host >> ${HOST_NODEFILE}
  done
fi

if [ "x$HOST_NODEFILE" = "x" ]; then
  echo "No hosts file defined.  Exiting..."
  exit
fi
 

CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE | wc -l`

mpirun -np $CPU_NEEDED -machinefile $HOST_NODEFILE   $ESPRESSO_HOME/bin/pw.x -npool  $CPU_NEEDED -input  phononGamma.scf.in  > out.phononGammae40.scf