Gaussian

TRUBA Wiki Sayfası sitesinden

Git ve: kullan, ara

Altyapıda Gaussian'ın farklı versiyonları sıkıntısız bir şekilde çalışmaktadır. En yüksek performansı almak için işin gönderileceği işlemciye uygun (AMD, Intel AVX, AVX2 ve AVX512) Gaussian versionunu kullanmak önemlidir. Aksi taktirde eski nesil işlemciler ile yeni nesil işlemciler üzerinde çalışan uygulamada sadece frekans hızından kaynaklı bir farklılık hissedilebilir.

Gaussian (tüm versiyonları için)'da performansı (aynı zamanda diğer kullanıcıların işlerinin performansını) etkileyen birdiğer durum ise, işin çalışması sırasında oluşturulan geçici dosyaların hangi dizinde oluşturulacağıdır. Gaussian yoğun biçimde I/O işlemleri yapan bir uygulamadır. Bu nedenle geçici dosyalar kullanıcın ev dizininde değil, işin çalıştığı hesaplama sunucusunun yerel /tmp dizininde oluşturulmalıdır. Bu şekilde Gaussian'ın I/O işlemlerinden hem diğer kullanıcıların işleri etkilenmeyecek, hem de yerel disklerin erişim hızları yüksek olduğu için Gaussian'ın genel performansı yükselecektir.


Gaussian'ın binary olarak dağıtılan bir paket olduğu için, sadece arşiv paketini açmak kurulum için yeterlidir, herhangi bir derlemeye gerek bulunmakaktadır. Kurulum herhangi bir dizine yapılabilir. Aşağıdaki örnekte, kurulum ev dizinine yapılacaktır.


$> cd ~
$>tar -zxvf  AS4_111N.TGZ

Bu komut sonrasında AS4_111N.TGZ adındaki gaussian paketi ev dizini içerisinde g09 dizinine açılmış olacaktır. Sizdeki Gaussian paketinin adı farklı olabilir. Eğer Gaussian09 yerine Gaussian16 paketi arşivden çıkarılıyorsa g09 yerine g16 dizini oluşturulacaktır.

Yapılmış bu kurulumu kullanmak için bazı çevre değişkenleri tanımlanmalıdır. Bu tanımlar .profile (yada .bashrc ) dosyasının içinde yapılabileceği gibi slurm dosyasının içerisinde de yapılabilir.

export g09root=$HOME
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

Uygulamayı çalıştırmak için aşağıdaki komut yeterli olacaktır

$g09root/g09/g09 < input_dosyası

Gaussian16 işin yukarıdaki g09 ifadeleri g16 ile değiştirilmelidir.

Gaussian'ı çalıştırmak için örnek betik ve input dosyası /truba/sw/scripts dizini içerisinde bulunmaktadır.


Gaussian uygulaması $GAUSS_SCRDIR dizininde (bu durumda /tmp) oldukça fazla artık dosya bırakır. Bu artık dosyalar hesaplama sunucusunun yerel diskini çok hızlı bir şekilde doldurur ve yeni işlerin çalışması pek çok durumda mümkün olmayabilir. O nedenle bu dosyaların iş sonunda silinmesi gerekmektedir. Bunun iki yolu bulunmaktadır:

  • Gaussian input dosyasında %nosave (detaylar için gaussian dökümanlarına bakınız) opsiyonu kullanmak.
  • Betik dosyasında
$g09root/g09/g09 < input_dosyası 

satırından sonra

find /tmp -maxdepth 1 -user $USER -exec rm -rf '{}' \;
komutunu kullanarak /tmp dizinindeki kullanıcıya ait tüm dosyaların silinmesi. Bu durumda aynı sunucu üzerinde kullanıcının birden fazla işi varsa, çalışmaya devam eden işler zarar görebilir.
Kişisel araçlar