Jupyter
TRUBA Wiki Sayfası sitesinden
Anaconda pekçok python kütüphanesini barındıran gelişmiş bir pakettir. Kurulumu oldukça basittir..
Anaconda python3.6 versiyonunu kullanmaktadır. Bu versiyon kullanıcı arayüzlerinde yüklü durumdadır, ancak hesaplama sunucularında yüklü degildir. O nedenle anakonda yada jupyterde hazırlanacak uygulamaların hesaplama suncularında da çalışabilmesi için, anaconda yüklemesini merkezi dosya sisteminde kurulu olan python3.6 modülü ile gerçekleştirmek gerekir.
module load centos7.3/comp/python/3.6.5-gcc
Sonrasında /truba/sw/src/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh uygulaması çalıştırılarak, sorulan sorulara '"yes"' seçeneğile ile yanıt verilir. Kurulumun sonunda gerekli tüm ayarları uygulama otomatik olarak yapacak ve her login'de bunların geçerli olmasını sağlamak için, bu ayarlar .bash_profile yada .profile dosyalarına yazılacaktır. Eğer bu otomatik olarak gerçekleşmezse bu tanımlar bu dosyalara elle yazılabilir.
TRUBA'da her loginde bu ayarların geçerli olması için bu ayarların .profile dosyasında da olması gerekir.. Bunun için .profile dosyasını sembolik olarak .bash_profile dosyasına bağlamak yeterllidir.
rm .profile ln -s .profile .bash_profile
Ayrınca, her loginde, doğru python3.6 sürümünün load edilmesini sağlamak için module load centos7.3/comp/python/3.6.5-gcc satırı .profile dosyasına eklenmelidir.
örnek .bash_profile dosyası:
module load centos7.3/comp/python/3.6.5-gcc export PATH="$PATH:/truba/home/$USER/anaconda3/bin"
Önemli:Yukarıdaki tanımda $PATH 'in önde olması önemlidir. Böylece anaconda ile birlikte gelen dbus uygulamaları degil sistemdeki dbus uygulamaları sistem tarafından kullanılacaktır. Aksi taktirde anaconda ile gelen dbus* dosyaları sisteminki ile uyuşmadığı için grafik ekran ve jupyter başlatma sorunları yaşanabilmektedir.
Anaconda (ve doslayısı ile beraberinde gelen kütüphanelerin) kurulumu bu kadardır. Logout olup tekrar login olarak bu ayarların etkin olması sağlanır.. Ayarların doğruluğu
jupyter notebook
komutu çalıştırılarak test edilebilir.
