R

TR-Grid sitesinden

R yüksek performanslı bir istatistik programıdır. R hakkında daha detaylı bilgiyi programın resmi web sayfasında, http://www.r-project.org/ bulabilirsiniz.

R programı genel kullanıma açık bir programdır. Tüm TR-GRID kullanıcıları bu programı kullanabilirler. Kullanıcılar ihtiyaç duydukları R paketlerini kendi dizinlerine yükleyeyip kullanabilirler yada ihtiyaçlarını bize bildirmeleri durumunda, paketler bizim tarafımızdan da yüklenebilir.

R programının paralel çalışmasını sağlayan paketler mevcut kurulumda çalışır bulunmaktadır.

Modüller ve çevre değişkenler

R programının derlenmesi ve çalışması sırasında MPI , LAPACKve FFTW kütüphanelerine ve derleyicilerine ihtiyaç duyurlur. Kümeye R işleri göndermek için, kullandığınız PBS betiğinin içerisinde gerekli modülleri yüklemeniz gerekmektedir.

TR-01-ULAKBIM kümesine göndereceginiz işler için aşağıdaki satırları eklemeniz yeterlidir.

export CALISMA_DIZINI=/home_eymir/vpurutcuoglu/denemeR
cd $CALISMA_DIZINI

Mevcut modüller ve modüllerin kullanımı hakkında daha detaylı bilgi için: TR-Grid Altyapısında Bulunan Yazılım, Derleyici ve Kütüphane Modülleri Kullanımı

PBS betikleri hakkında daha detaylı ilgi için : Küme Bilgisayarlarda İş Gönderme

sayfalarını ziyaret ediniz.

Örnek pbs betiği

#!/bin/sh 
# 
#PBS -q trgridb
#PBS -N R
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#
## Export all my environment variables to the job
#PBS -V
#
## Change to my working directory

export CALISMA_DIZINI=$HOME/R
cd $CALISMA_DIZINI

. /usr/share/Modules/init/sh
module load tr-01-ulakbim/application/R-2.10.0/intel

R -f Single-inputs.txt >output 2>error