R
TR-Grid sitesinden
R yüksek performanslı bir istatistik programıdır. R hakkında daha detaylı bilgiyi programın resmi web sayfasında, http://www.r-project.org/ bulabilirsiniz.
R programı genel kullanıma açık bir programdır. Tüm TR-GRID kullanıcıları bu programı kullanabilirler. Kullanıcılar ihtiyaç duydukları R paketlerini kendi dizinlerine yükleyeyip kullanabilirler yada ihtiyaçlarını bize bildirmeleri durumunda, paketler bizim tarafımızdan da yüklenebilir.
R programının paralel çalışmasını sağlayan paketler mevcut kurulumda çalışır bulunmaktadır.
Modüller ve çevre değişkenler
R programının derlenmesi ve çalışması sırasında MPI , LAPACKve FFTW kütüphanelerine ve derleyicilerine ihtiyaç duyurlur. Kümeye R işleri göndermek için, kullandığınız PBS betiğinin içerisinde gerekli modülleri yüklemeniz gerekmektedir.
TR-01-ULAKBIM kümesine göndereceginiz işler için aşağıdaki satırları eklemeniz yeterlidir.
export CALISMA_DIZINI=/home_eymir/vpurutcuoglu/denemeR cd $CALISMA_DIZINI
Mevcut modüller ve modüllerin kullanımı hakkında daha detaylı bilgi için: TR-Grid Altyapısında Bulunan Yazılım, Derleyici ve Kütüphane Modülleri Kullanımı
PBS betikleri hakkında daha detaylı ilgi için : Küme Bilgisayarlarda İş Gönderme
sayfalarını ziyaret ediniz.
Örnek pbs betiği
#!/bin/sh # #PBS -q trgridb #PBS -N R #PBS -l nodes=1:ppn=1 # ## Export all my environment variables to the job #PBS -V # ## Change to my working directory export CALISMA_DIZINI=$HOME/R cd $CALISMA_DIZINI . /usr/share/Modules/init/sh module load tr-01-ulakbim/application/R-2.10.0/intel R -f Single-inputs.txt >output 2>error





