VASP

TR-Grid sitesinden

Vasp ab-initio quantum-mekanik moleküler dinamik simülasyonları yapan bir programdır. Vasp ile ilgili data detaylı bilgiye http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp adresinden ulaşabilirsiniz.

Vasp lisanslı bir uygulamadır. Bu nedenle kullanıcılar kendi lisanslarını edinmelidir. Kullanıcılar Vasp geliştiricilerinden edindikleri lisans ve programın kaynak dosyaları ile kurumuza başvurduklarında programı kendileri için derleyip çalışır duruma getirmekteyiz.

Moduller ve çevre değişkenler

Vasp programı paralel çalışan bir programdır. Bu nedenle derlenmesi ve çalışması sırasında MPI , LAPACK/SCALAPACK, FFTW kütüphanelerine ve derleyicilerine ihtiyaç duyarlar. Programı deremek/çalıştırmak için PBS betiğinizin içerisinde gerekli modülleri yüklemeniz gerekmektedir.

TR-01-ULAKBIM kümesine göndereceginiz işler için aşağıdaki satırları eklemeniz yeterlidir.

 . /usr/share/Modules/init/sh
 module load tr-01-ulakbim/compiler/intel11.0/cpp/intel64
 module load tr-01-ulakbim/compiler/intel11.0/fortran/intel64
 module load tr-01-ulakbim/library/intel10.1/mkl/em64t
 module load tr-01-ulakbim/library/mvapich-1.1.0/intel
 module load tr-01-ulakbim/library/fftw-3.2.2/intel

Mevcut modüller ve modüllerin kullanımı hakkında daha detaylı bilgi için: TR-Grid Altyapısında Bulunan Yazılım, Derleyici ve Kütüphane Modülleri Kullanımı

PBS betikleri hakkında daha detaylı ilgi için :Küme Bilgisayarlarda İş Gönderme

sayfalarını ziyaret ediniz.

Örnek pbs betiği

#!/bin/bash 
#PBS -q trgridb@ce.ulakbim.gov.tr
#PBS -N vasp_ib
#PBS -l nodes=8:ppn=1
#PBS -l mem=1gb
#PBS -V

. /usr/share/Modules/init/sh
module load tr-01-ulakbim/compiler/intel11.0/cpp/intel64
module load tr-01-ulakbim/compiler/intel11.0/fortran/intel64
module load tr-01-ulakbim/library/intel10.1/mkl/em64t
module load tr-01-ulakbim/library/mvapich-1.1.0/intel

export CALISMA_DIZINI=$HOME/vasp

if [ "x$PBS_NODEFILE" != "x" ] ; then
  echo "PBS Nodefile: $PBS_NODEFILE"
  HOST_NODEFILE=$PBS_NODEFILE
fi

if [ "x$HOST_NODEFILE" = "x" ]; then
  echo "No hosts file defined.  Exiting..."
  exit
fi

cd $CALISMA_DIZINI
cat $HOST_NODEFILE > nodes
CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE | wc -l`

cd $CALISMA_DIZINI
rm -rf ./err ./out 
mpirun -np  $CPU_NEEDED -machinefile $HOST_NODEFILE ./vasp >out 2>err